四川省農業科學院農產品加工研究所于2009年11月經中共四川省委機構編制委員會辦公室批復，由原實驗場更名成立。內設機構包括：職能管理部門、研究中心、院基地管理機構（掛靠）。

職能管理部門包括所黨政辦公室、科技管理辦公室、科技產業中心、條件財務辦公室、后勤服務中心。

建有五個研究中心：果蔬貯藏加工研究中心、發酵食品研究中心、糧油加工研究中心、功能食品研究中心以及保鮮與物流研究中心。主要開展果蔬采后商品化處理技術研究、設施設備建設與應用管理、冷鏈物流、精深加工研究與產品開發，以郫縣豆瓣、傳統泡菜等為代表的傳統發酵食品加工技術研究，菜籽油物理壓榨工藝優化及適度精煉技術、薯類主食化及面食加工工藝研究，藥食同源及營養健康產品開發和功效評價等研究。

四川省農業科學院基地管理機構由加工所代管，下設新都基地管理中心、郫都基地管理中心和科普培訓中心，主要負責為農科院3000多畝的科研試驗基地提供服務和保障、開展科普宣傳等工作。